По умолчанию Offline Explorer Pro помещает все загруженные web-сайты в каталог c:\download\. Вы можете изменить эту настройку в диалоге Настройки | Дополнительно | раздел Размещение.

В версиях Offline Explorer Pro/Enterprise можно задавать отдельные каталоги загрузок для каждой папки Проектов. Создаваемые новые папки используют общий каталог загрузок, указанный в диалоге Настройки. Но Вы можете легко изменить это, выбрав желаемую папку и нажав кнопку Свойства на панели инструментов, или щелчком по кнопке Свойства на Ленте - вкладка Главная.